世贸组织接受它的最高级部长大会领导，部长大会至少每两年召开一次。决议经合议（consensus）做出，每一成员享有一票。这保证了世贸组织在不经成员国同意的情况下不能通过任何约束成员国的决议。
在部长大会之下是四个理事会，以及分别负责贸易政策审查和争议解决的组织。四个理事会中最上层的是一个享有监督之权的总理事会，除了其他的工作以外，总理事会负有执行部长大会决议，通过预算和其他财政事项，在部长大会的两次会议期间执行部长大会的职能。在总理事会下有三个独立的理事会，分别负责货物贸易，服务贸易，及与贸易有关的知识产权问题。四个理事会进一步分为一些负责专门领域的委员会。其他一些组织可能会在总理事会下产生，特别是为了与贸易有关的知识产权问题。
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│ 部 长 会 议 │
│ │
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│贸易政策│ │ │ │争端解│ │上诉受理│
│ ├─┤ 总理事会 ├─┤ ├───┤ │
│审查组织│ │ │ │决组织│ │常设组织│
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┌──┴─┐│ ┌───┴┐ ┌─┴──┐┌───┴─┐ ┌──┐
│贸易与环││ │商品贸易│ │服务贸易││与贸易有关│ │争端│
│ ││ │ │ │ ││知识产权问│ │解决│
│境委员会││ │ 理事会 │ │ 理事会 ││题理事会 │ │小组│
└────┘│ └────┘ └────┘└─────┘ └──┘
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│ 贸易与发展 ││市场开放│ │特定承诺│
│ ││ │ │ │
│ 委员会 ││ 委员会 │ │ 委员会 │
└──────┘└────┘ └────┘
┌──────┐┌─────┐
│ 区域贸易 ││ │
│ ││农业委员会│┌────┐ ┌─────┐
│ 协 定 ││ ││金融服务│ │民用航空器│
└──────┘└─────┘│ │ │ │
┌──────┐┌─────┐│业委员会│ │贸易委员会│
│ 收支平衡 ││食品卫生检│└────┘ └─────┘
│ ││验与动植物│ ┌────┐
│ 委员会 ││检验措施委│ │政府采购│
└──────┘│员会 │┌────┐ │ │
┌──────┐└─────┘│专业服务│ │ 委员会 │
│预算与财政 │┌─────┐│ │ └────┘
│ ││与贸易有关││工作小组│ ┌────┐
│管理委员会 ││ 投资措施 │└────┘ │国际乳品│
└──────┘│ 委员会 │ │ │
┌─────┐└─────┘ │ 理事会 │
│ 入会工作 │┌─────┐┌─────┐ └────┘
│ ││原产地规则││ＧＡＴＳ规│ ┌────┐
│ 小 组 ││ ││ │ │国际牛肉│
└─────┘│ 委员会 ││则工作小组│ │ │
┌─────┐└─────┘└─────┘ │ 理事会 │
│贸易与投资│┌─────┐ └────┘
│ ││技术性贸易│
│ 工作小组 ││ │
└─────┘│壁垒委员会│
┌─────┐└─────┘
│贸易与竞争│┌─────┐
│政策工作小││补贴及平衡│
│组 ││ │
└─────┘│措施委员会│
┌─────┐└─────┘
│ 政府采购 │┌─────┐
│ ││反 倾 销│
│透明化工作││ │
└─────┘│ 委员会 │
└─────┘
┌─────┐
│ 关税估价 │
│ │
│ 委员会 │
└─────┘
┌─────┐
│输入许可发│
│ │
│ 证委员会 │
└─────┘
┌─────┐
│ 防卫措施 │
│ │
│ 委员会 │
└─────┘
┌─────┐
│ 纺品督导 │
│ │
│ 组 织 │
└─────┘
┌─────┐
│国营企业贸│
│ │
│易工作小组│
└─────┘
┌─────┐
│装运前检验│
│ │
│ 工作小组 │
└─────┘
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