1.有利于提高通关速度
大大加快了进出口货物的通关速度，提高了海关工作效率。以空运快递货物为例，实现了飞机在境外起飞后立即将空运单数据通过国际网络传送到我国海关，班机未着地前快递公司已收到海关的货物放行通知。除少数晚上到达的班机外，一般都能做到当天放行。这是原来的手工申报方式无法比拟的，从而彻底解决了快递货物放行速度问题。
2.有利于海关集中力量加强对货物的实际监管
EDI与电子商务提高了海关处理业务的自动化程度，大量海关人员得以摆脱繁重的书面单证的审核工作，从而可以将更多的力量集中到对进出口货物的实际查验工作中去，使海关的货物监管工作得到真正的加强，海关的人力资源得到了合理配置。
3.有利于提高海关管理的整体水平
海关EDI与电子商务系统是在海关规范化管理和海关业务专家的管理经验基础之上开发的。系统一旦在全国推广使用，就会将规范化的管理和业务专家的管理经验普及到每个口岸海关，从而使全国海关的执法尺度整齐划一，并使全国海关的管理水平整体提升到海关业务专家的水平。对于一票货物而言，无论它在哪个口岸进出口，都将按同样的监管方式得到处理，并受到同样水准的海关服务。
4.有利于海关廉政建设
EDI与电子商务使企业能在自己的办公室内完成货物的进出口手续，海关对货物的处理意见又都是通过计算机系统进行传递的，因而是减少了海关关员与企业的直接接触，大多数货物做到了“通关不见面”，这有利于海关的廉政建设。
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