（一）办公厅（口岸规划办公室）
协助署领导研究拟定海关工作的方针政策和发展规划，组织政策研究；负责综合情况、审定文稿、沟通信息、组织会议、新闻宣传、办公自动化、督查督办和文书档案管理；研究提出各类对外开放口岸的整体规划及口岸规范的具体措施并组织实施，组织协调口岸通关中各有关部门的工作关系。
（二）政策法规司
研究拟定海关法律、法规及实施办法；研究拟定各类进出口管制政策的海关监管规章和进出口商品分类目录并组织实施；指导、审理行政复议，指导行政应诉工作；受理知识产权海关保护备案申请，组织实施知识产权海关保护。
（三）关税征管司
研究提出关税和进口环节税征收管理规章制度；管理进出口货物完税价格审定；组织实施国家关税和进口环节税减免；研究提出对特定地区、特殊贸易方式以及特殊商品的关税征管规定并组织实施；组织实施反倾销、反补贴措施；研究提出加工贸易、保税仓库、保税工厂海关监督制度并组织实施；研究提出保税区监督制度并组织实施。
（四）通关管理司
研究提出海关通关作业及进出口货物通关管理的规章制度并组织实施；管理通关数据，监督通关作业运行；组织实施信息化管理；研究提出海关风险管理制度并组织实施。
（五）监管司
研究提出进出境运输工具监管的规章制度并组织实施；研究提出进出境货物及其相关港口、场站、仓库等场所的查验规范和监控制度并组织实施；组织实施企业和人员的海关注册、登记及备案管理；研究提出进出境行邮物品、国家禁止或管制物品的监管规定井组织实施。
（六）综合统计司
编制管理国家进出口贸易统计，开展进出口贸易统计分析，发布进出口贸易统计数据；编制管理海关业务统计，开展海关业务统计分析；组织协调和研究提出进出口商品原产地规则。
（七）调查局（全国打击走私综合治理办公室）
研究提出打击走私工作方针、政策及海关稽查、查缉走私违法行为的规章制度；统一负责打击走私工作，组织查处走私案件，组织管理打击走私违法行为的情报工作；审理提出走私、违规大要案的处理意见，组织大要案、跨关区案件的调查及毒品查缉；组织联合缉私行动，开展国际反走私合作；组织实施专项稽查和常规稽查。
（八）走私犯罪侦查局
（九）国际合作司
负责海关系统的外事工作，开展与外国（地区）海关、国际海关组织及有关国际机构的交流与合作，管理国际海关多（双）边合作的有关事宜。
（十）人事教育司
研究提出海关人事教育的规章制度；管理海关机构设置、人员编制和工资福利，按规定权限管理海关干部；管理海关干部在职教育培训、海关直属院校和总署机关人事工作；负责对外开放口岸审理工作。
（十一）财务科技司
管理海关行政经费；管理海关税费的收缴入库；组织管理海关财务会计、基本建设和国有资产；研究提出海关科技发展规划并组织实施；组织办理海关科技进步奖励工作；管理海关科技装备、仪器和制服等。
（十二）机关党委（思想政治工作办公室）
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